Наименование церкви Николы Мокрого, по одной версии, пошло от сырого, топкого места на берегу реки Которосль, на котором стоял храм, по другой - от особого покровительства Николая Чудотворца терпящим бедствия на воде.
В Киеве, в Софийском соборе, находился древний образ святителя, который по совершённому чуду спасения младенца, утонувшего в Днепре, назывался Никола Мокрый. Это предание нашло отражение в стенописях ярославских храмов, в том
числе и в Николо-Мокринском.
О закладке каменной церкви Николы Мокрого сообщала грамота, данная митрополитом Ростовским Ионой священнику Иоанну Дранишникову с приходскими людьми 6 августа 1665 года, которой владыка благословлял "по указу
Великого Государя царя Алексея Михайловича, по обещанию прихожан, поставить царское богомолье холодную церковь каменную, во имя Св. Николы Чудотворца, да к той же церкви два придела во имя Св. Алексия Митрополита
Московского Чудотворца, да Св. Великомученицы Варвары".
Храм сооружался на средства купцов Астафия Лузина и Андрея Лемина и посадских людей Фёдора Выморова и Стефана Тарабаева. Они были прихожанами храма - записаны в переписных книгах Спасской сотни за 1646-1671 годы
(кроме Лемина, сведений о котором обнаружить не удалось): "Федка Елеуфериев сын Выморов, у него сын Сережка", "Степан Василев сын Тарабаев", а также сыновья Астафия Лузина "Ондрей да Семен с братями Ылею да с Михаилом".
К началу строительства и сам Астафий Осипов Лузин, и его сыновья были купцами гостиной сотни. Под Новоторговым уставом царя Алексея Михайловича 1667 года среди "лутчих торговых людей" Московского государства
стоит подпись второго сына: "гостиные сотни Андрюшка Лузин руку приложил". Отметим, его подпись идет 29-й из более чем 60 подписавших документ.