Инициатором открытия епархиального училища стал архиепископ Ярославский и Ростовский Ионафан. По воспоминаниям современников, это был человек большого ума и редкой доброты. Четверть века он возглавлял Ярославскую епархию и пользовался в городе огромным авторитетом. В жизни училища он принимал живейшее участие – не раз присутствовал на уроках и экзаменах, учредил стипендии для сирот, добившихся успехов в учёбе. С первых дней училище стали звать Ионафановским, а с 1893 года это название было закреплено официально. Воспитанниц епархиального училища прозвали в Ярославле «ионафанками».
  Для нужд учебного заведения бывший горяиновский особняк был значительно расширен. В перестройке дома принимали участие известные ярославские зодчие – Николай Поздеев и Александр Никифоров. Балконы и парапеты здания украсила изящная решётка, а в вестибюле появилась знаменитая чугунная лестница.
  Многие учебные заведения в те времена имели домовую церковь, и в епархиальном училище также был устроен собственный храм во имя Покрова Богоматери и Марии Магдалины. Богородица издавна считалась покровительницей и заступницей женщин, к тому же Покров день совпадал с датой основания училища.