В Ионафановское училище принимались девочки с 9 – 11 лет. В основном «ионафанками» становились дочери священников, дьяконов и причетников Ярославской епархии. Для детей из других сословий доступ в Ионафановское училище не был закрыт, но обучение обходилось в полтора - два раза дороже.
  Программа Ионафановского училища соответствовала уровню женских гимназий, а срок обучения составлял 6 лет. Как и их ровесницы - гимназистки, «ионафанки» изучали Закон Божий, физику, арифметику, русский и церковнославянский, историю, географию и иностранные языки по выбору. Однако кроме обычных предметов девочкам преподавали домоводство и основы родовспоможения. Их обучали церковному пению, кройке и шитью, а самых талантливых – акварельной живописи и игре на скрипке.
  Училище существовало не только на взносы родителей, но в первую очередь на средства епархии и пожертвования частных лиц. «Ионафанки» находились на полном содержании училища, проживая в том же здании. Там, где ныне находится читальный зал университетской библиотеки, до революции располагалась общая спальня воспитанниц.
  По окончании училища каждая выпускница получала в подарок белое платье, шляпу и обувь. Сироты получали также пальто, калоши и бельё. Выпускницы Ионафановского училища, как правило, пополняли штаты приходских школ. К моменту выпуска каждая имела солидный педагогический опыт: при училище существовала начальная школа, и девушки по очереди вели там пробные уроки. В начале XX века воспитанницы училища получили возможность выбирать педагогическую «специальность», поступая на дополнительное физико-математическое или словесно­историческое отделение.