Незадолго до Октябрьской революции в Знаменской церкви был устроен ещё один престол - во имя Анны Кашинской, немногочисленные сведения об этом престоле имеются в описях храма 1920-х годов.
Произошло это, скорее всего, по инициативе бывшего епархиального миссионера архимандрита Корнилия: именно он возглавлял весной 1914 года крестный ход по Ярославской губернии с чудотворной иконой преподобной княгини с частью её
святых мощей, а в июле 1915 года был хиротонисан во епископа Рыбинского, с назначением викарием Ярославской епархии и настоятелем Афанасьевского монастыря.
В феврале 1924 при церкви Знамения была зарегистрирована приходская община обновленческого толка, и архиепископ Корнилий становится настоятелем храма. После его отъезда из Ярославля на Уральскую кафедру в Знаменской
церкви до начала 1930-х годов служили "правящие епископы Ярославские и Ростовские обновленческой ориентации".