Настоятельские покои были пристроены к западному фасаду трапезной палаты в XVII веке. Их сооружение велось одновременно с перестройкой монастырской ограды в 1620-1640-х годах, поскольку материал от разобранных старых стен,
как показали исследования 1920-х годов, использовали в качестве бута при возведении нового здания.
А в прежних настоятельских покоях, по мнению местных краеведов, проживал в течение двадцати шести дней в 1613 году Михаил Фёдорович Романов "с своею матерью, великой старицей инокиней Марфой Иоанновной, и временным
государственным советом, который составляли князь Иван Борисович Черкасский с другими вельможами и дьяк Иван Болотников со стольниками и стряпчими".
Настоятельские покои по упразднении Спасского монастыря были обращены в архиерейские кельи и стали местом обитания владык, позднее они неоднократно "возобновлялись", подвергались переустройству. Здание настоятельских покоев
в XIX веке соединили с другими постройками монастыря, в 1809 году был устроен переход "на каменных столбах" вдоль монастырского сада к южной крепостной стене у Водяных ворот.