Панорама бывшего Спасо-Преображенского монастыря в 2009 году
В 1825 году "по ветхости, а более по тесноте" была разобрана сопридельная Спасо-Преображенскому собору Входоиерусалимская
церковь возведёная в 1617 году, и на её месте в 1827 - 1831 годах возведена огромная церковь Ярославских Чудотворцев по проекту
архитектора Панькова.
Полностью завершённый храм подвергся "великой опасности": 21 июня 1832 года произошёл пожар,
причинивший зданию значительный ущерб. Вот как бедствие было описано Аполлинарием Крыловым: "Огонь появился на
кровле здания, пламя казалось готовым всё истребить, но молитвы угодников угасили силу его: ибо огонь истребил только
кровлю, потолок в трапезе и накат - и то в частях. Всё же прочее в здании церковном осталось целым и невредимом".
Тем не менее на ликвидацию последствий пожара понадобилось около 60 тысяч рублей.
Вновь освящённый в 1833 году
храм был расписан ярославским художником Тимофеем Медведевым.
В 1875 году были заложены промежутки между
колоннами портика на западном фасаде храма - открытая паперть превратилась в глухой притвор, в 1920 году
колонны раскрыли вновь.