Особую красоту и торжественность в монастырский архитектурный ансамбль всегда привносила устремлённая ввысь колокольня. В описании монастыря 1627 года указано: "колоколница деревянна, рублена, а на ней одиннадцать
колоколов болших и малых". В 1628 году царь Михаил Фёдорович пожертвовал 100 рублей на "каменное колокольное строение", но эти деньги были использованы на литьё колокола. Надпись на нём гласила: "Вылит Пресвятой
Богородицы Толгского монастыря казенными деньгами при державе Государя царя и Великого князя Михаила Феодоровича, при игумене Серапионе с братиею, а в нем весу 100 пудов, а цена 500 рублев, лета 7140 (1632)".
В 1678 году колокол разбился и был перелит в Голландии с повторением прежней надписи и добавлением новой на латыни: "Евергард Сплинтер слил меня в Кнелизе".
В 1677 году набор колоколов Толгского монастыря пополнился новым благовестником, отлитым "по обещанию окольничего князя Никиты Яковлевича Львова на его деньги; дано на него тысячу рублев при игумене Гордиане,
а весу в сем колоколе 200 пудов. Лил сей колокол мастер Федор Моторин (отец Ивана Моторина, отлившего знаменитый царь-колокол.)". Этот и другие колокола были подняты на каменную трёхъярусную колокольню, сооружение которой
завершилось к 1685 году (четвертый ярус надстроили в 1825 году).
В 1824 году мастером Чарышниковым был отлит самый большой колокол обители - весом в 505 пудов. Кроме трёх больших, на колокольне имелось ещё восемь колоколов весом от 64 до 3 пудов и менее.