В первой половине XIX века в церкви Иоанна Богослова провели большие работы по обновлению её интерьеров: в 1818 году летний храм был расписан Фёдором Васильевым Банщиковым,
в 1819 году вокруг храма была устроена каменная ограда,
в 1828 году резчиком Алексеем Бычковым в зимней церкви устроен новый иконостас; в 1849 её украсили росписями.
В XVIII веке с запада, со стороны входа, была пристроена каменная паперть.
В конце XVIII века ежегодно в храмовый праздник, 26 сентября, из Успенского собора в церковь Иоанна Богослова совершался крестный ход, который в XIX веке был заменён другим: вечером 7 мая,
накануне дня памяти евангелиста Иоанна Богослова, из Успенского собора приносили чудотворные иконы: Спаса Нерукотворного, Богоматери Толгской и Богоматери Всех скорбящих Радость - и вечером 8 мая уносили назад.
Ещё в конце XVII века в приходе, у церкви "на монастыре", была устроена деревянная богадельня: по Переписной книге 1717 года значатся в ней 8 женщин. Почти через два столетия при храме учредили попечительство.
Колокольня находилась к югу от церкви. Она представляла собой восьмигранный шатёр, сооружённый на четырехугольном основании. На ней находилось 8 колоколов общим весом 205 пудов.
В 1932 году Богословский храм закрыли, в 1934- 1935 годах снесли.