Приходская церковь во имя Иоанна Богослова находилась за Земляным валом в городском предместье, называемом
"Горки", видимо, по небольшому возвышению на местности. Известно, что в XVII веке здесь существовал царский
кружечный двор - учреждение, осуществлявшее монополию государства на производство и продажу спиртных напитков.
Первое известное упоминание Богословского храма датируется к 1630 году, однако построение на этом месте деревянной церкви относится к XVI веку, «именно к тому времени, когда в Рубленом и Земляном городах, по случаю
прибыли народонаселения, стало недостаточно мест для прибывающих жителей, и они начали селиться за валом, по берегам Волги и Которосли и по всему пространству, находящемуся между сими реками, где основались посады и слободы,
и в них устраивались церкви, в том числе и Богословская».
Каменная церковь Иоанна Богослова с приделом во имя Алексия, человека Божьего, построена в 1679 году на средства прихожан. Через несколько лет в приходе был разобран тёплый деревянный храм Иоанна Милостивого,
а над существовавшим каменным зданием в 1700 году возвели второй этаж, оборудовав там холодную церковь Богоматери Живоносный Источник. В 1759 году, вскоре после обретения и прославления мощей митрополита Димитрия Ростовского,
в алтарной части верхнего храма вместо предполагавшегося придела во имя Иоанна Милостивого был устроен и освящён 21 сентября придел во имя святителя Димитрия.
В память о деревянном храме Иоанна Милостивого в приходе ежегодно праздновался 12 ноября день этого святого.
На алтарной преграде нижнего тёплого храма сохранялись стенописные изображения митрополитов Петра и Ионы, датированные XVII столетием, это дало повод ярославским краеведам предположить,
что иконостас каменного храма сначала был написан на алтарной преграде.