Большой медицинский комплекс губернской больницы, осуществлял не только врачевательские, но и учебные функции, имел свой патологоанатомический
театр. Для этих целей было построено деревянное здание, в котором находилась и небольшая часовня для отправления
заупокойных и погребальных богослужений. К концу XIX века это строение пришло в ветхость, и в 1897 году священник Александро-Невской
церкви Лев Павлович Виноградов обратил внимание больничных властей на то, что часовня давно не соответствует своему назначению.
В ней усматривается "значительный недостаток тех удобств и приспособлений, какими у православных христиан обставляются места,
специально назначенные для удовлетворения своих религиозных потребностей".
В свою очередь Иван Николаевич Кацауров, в то время
старший врач губернской земской больницы, написал в своём отношении в Губернскую земскую управу о полной неудовлетворительности
здания анатомического театра. Земская управа, в ведении которой находилась больница, согласилась с этими доводами и ассигновала
17 660 рублей на строительство часовни - анатомического театра, единственного подобного сооружения в Ярославле.
Проект здания
составил губернский архитектор И. И. Окерблом, ему же было поручено наблюдать за сооружением часовни. Строительство, начатое в
1899 году, велось несколько лет, его пришлось прервать из-за допущенных ошибок. Созданная по этому поводу комиссия земской управы
отмечала в своём заключении: "Каменное здание анатомического театра дало трещины, каковые особенно заметны и имеют угрожающий
характер в помещениях часовни, где трещины замечаются не только в кирпичном своде со всех четырёх сторон, но и во всех четырёх
стенах... Подвальный этаж здания в настоящее время наполнен водою почти до окон". Одной из причин, повлиявших на состояние
часовни, комиссия усмотрела в том, что из-за неправильных расчётов при строительстве её мощный купол раздавил стены. В дальнейшем
кирпичный барабан был разобран и заменён деревянным, в стены заложены железные связи, проведены работы по отводу воды.
Часовня была завершена и украшена росписями до 1902 года, когда состоялось её освящение.