Первыми протестантами в Ярославле и Вологде были специалисты, которых царь Иван IV Грозный (1533-1584) пригласил для работы. Это были
архитекторы, врачи, офицеры, люди, занимающиеся торговлей, и оружейные мастера. С середины XVI века они работали и жили в том числе в Ярославле,
Рыбинске и Великом Устюге.
Когда точно была построена первая лютеранская церковь в Ярославле неизвестно, однако, после 30-летней войны (1618-1648) в России и, в частности,
в Ярославле появилось большое количество протестантских солдат, они и построили в Ярославле небольшую деревянную церковь.
В 1742 году на 19 лет в Ярославль был сослан курляндский герцог Эрнст Иоганн Бирон, с которым в эту ссылку отправился и домашний врач и пастор
Гове. Гове был на все руки мастер: и священник, и врач, и учитель. Его учеником был, между прочим, Фёдор Волков, в дальнейшем основавший первый русский
театр. После отъезда Бирона из Ярославля, верующие остались без постоянного духовного попечения.
В России самостоятельные общины разрешили создавать только после придания всей Евангелическо-Лютеранской Церкви официального правового статуса.
Это произошло в 1832 году, когда был подписан царём Николаем I „Указ об официальном статусе Евангелическо-Лютеранской Церкви“.
В 1840 году в Ярославль совершил визит Император Николай I. Церковный совет не мог упустить такой хорошей возможности и передал через
генерал-адъютанта графа Бенкендорфа прошение о строительстве лютеранской церкви в Ярославле и в этом же году начался сбор средств. Особая заслуга в
осуществлении строительства церкви принадлежит принцу Петру Георгиевичу Ольденбургскому, который составил прошение лично Императору, который в итоге
пожертвовал на строительство 12 000 рублей. Такое отношение к судьбе ярославских лютеран было неслучайно, Петр Георгиевич родился в Ярославле 14 августа
1812 года. В течение жизни он посещал Ярославль дважды в 1831 и 1856 годах.
Первоначально строительство лютеранской церкви планировалось на площади Бориса и Глеба где ранее находились православные церкви Бориса и Глеба.
Однако, подобное решение приняло сопротивление со стороны Православной церкви и строительство лютеранской церкви было решено перенести на улицу
Борисоглебскую (совр. ул. Свердлова), где среди гражданской застройки в 1846 году по проекту губернского архитектора Петра Панькова была построена
Евангелическо-Лютеранская церковь свв. Петра и Павла, освященная в честь апостолов Петра и Павла. В 1847 году в церкви был установлен колокол, после чего
спустя 2 года церковь была полностью завершена.
С 1846 по 1862 год духовное попечение над общиной в Ярославле осуществлял проповедник из Нижнего Новгорода. Однако, расстояние не позволяло
проводить служение в нормальных условиях, а к 1862 году численность лютеран возросла до 600 человек, что по новому поставило вопрос о назначении пастора
в Ярославль, постоянно проживающего в городе.
Первым пастором общины в Ярославле был выбран Оскар Фромхольд Мирзалис. Был ординирован на служение в общине 16 июня 1863 года. В Ярославле
проживал в служебной квартире, для содержания которой существовала специальная касса в размере 400 рублей. С 1863 по 1873 год помимо служения в общине был
гарнизонным проповедником, после 1873 года продолжил своё служение в Смоленске.
В начале XX века председателем церковного совета в этой кирхе был известный архитектор Ярославля – Иван Окерблом.
Здание сильно пострадало во время мятежа 1918 года. Кирха, тем не менее, была отремонтирована в 1924 году, но в 1928 закрыта в связи с
антирелигиозными компаниями советского государства.
Евангелическо-Лютеранская община Ярославля была ликвидирована советской властью в 1934 году, а имущество общины национализировано.
В советское время кирху приспосабливали и под клуб, назвав его именем местного революционера Закгейма, и под разные учреждения.
Здание было перестроено в трёхэтажное.