Афанасьевский монастырь существовал уже в XVI веке, поскольку под 1570 годом упоминается его игумен Вассиан. В купчей
от 20 апреля 1602 года Третьяка Перфильева Переславцева, говорится, что указанный посадский человек продал за полтину денег
"земли своее к Офанасью святому и Кириллу александрийских чудотворцев игумену Тихону от моево, от Третьякова, частокола вдоль по
Пробоиные улицы по горничный угол по старой пень".
История Афанасьевского монастыря тесно связана с событиями Смутного времени. Здесь располагался монетный
двор ополчения Минина и Пожарского.
О начальном состоянии монастыря документально известно лишь, что он управлялся игуменами и уже в первые годы
своего существования получил привилегии и владения по грамотам царя Михаила Фёдоровича.
Ранние монастырские постройки были деревянными, обитель не раз в XVII веке выгорала в пожары. Так, в 1658 году
"монастырь Афанасиевский именуем, весь погоре".
Первую каменную церковь обители во имя Афанасия и Кирилла возвели по благословению ростовского митрополита Ионы
Сысоевича в 1664 году. По окончании строительства храм был украшен росписями, над которыми работали мастера, вызванные из Москвы.
В пожаре 1670 года обитель вновь пострадала. В 1676 году к северному фасаду соборной церкви пристроили тёплый храм с колокольней,
посвятили его Алексию, митрополиту Московскому.
Афанасьевский монастырь никогда не был значительным ни по числу иноков, ни по богатству и количеству владений:
в 1717 году в нём проживало всего семь монахов и один белец.
По парадному восточному фасаду обители, выходившему на Пробойную улицу,
ещё в XVIII веке соорудили две небольшие каменные башни, одна из которых служила Святыми воротами, в другой была устроена
часовня в память о важном событии - обретения чудотворной иконы Спаса Нерукотворного. Башни завершались шпилями, увенчанными
фигурами ангелов с трубами.