Наиболее значительными стали работы по коренной перестройке оборонительных сооружений монастыря в 1621-1646 годах,
в большей части сохранившихся до наших дней. Стены новых укреплений XVII века стали толще и гораздо выше.
Оборонительные сооружения состояли из шести башен, расположенных по углам или в изломах стен (из них
сохранились две), перестроенных тогда же Святых ворот, новых Водяных ворот и прясел стен между ними.