По местной традиции считается, что первая деревянная церковь, посвящённая двунадесятому празднику Богоявления
(Крещения) Господня, была построена ещё в конце XI века на берегу реки Которосли у самой воды - там, где крестили язычников.
Возможно, со времени христианизации города и края сохранялся на протяжении веков обычай устраивать в крещенские праздники
близ Богоявленского храма Иордань - прорубь для освящения воды, где и в начале XX века проводилось главное городское
богослужение. Заселение этих мест, у стен основанной в XIII веке зажиточной и влиятельной Спасской обители, тоже началось,
как полагают исследователи, в ранний период истории Ярославля.
Первоначально на месте церкви располагались посадские дворы. В XVI веке это место отошло Спасскому монастырю.
Он поставил здесь деревянный храм и конюшенный двор, а в XVII веке после "Смутного времени" поселил здесь слуг
и зависимых людей. Так возникла Богоявленская слобода.
Первое письменное свидетельство о деревянной Богоявленской церкви, предшествовавшей существующему ныне каменному
храму, содержится в грамоте Василия Ивановича Шуйского Спасо-Ярославскому монастырю от 1606 года, где говорится о том, что
на пожалованных в августе 1511 года великим князем Василием III трёх, пустых после пожара, дворищах спасский архимандрит
Иона с братиею "устроили Божие милосердие храм Богоявления Господа нашего Иисуса Христа". Время сооружения церкви
Богоявления в грамоте не сообщается, но упомянутый в ней настоятель Иона управлял обителью с 1506 по 1539 год с небольшим
перерывом, следовательно, храм был устроен не позднее последней даты.
В Писцовой книге Ярославля 1627-1629 годов значится: "Спасского ж монастыря слободка Богоявленская у монастыря
за рвом, а в ней церковь Богоявления Господня древяна, строенье монастырских крестьян". Перепись 1647 года владений
Спасского монастыря на посаде уточняет, что "в Богоявленской слободке" храм был тёплым и не имел приделов. Этот источник
даёт и состав прихожан: "Богоявленского приходу от Михайловских ворот подле Спасского монастыря и проезду под горкою от
прудов от реки Которосли против монастырской стены живут во дворишках торговые и ремесленные людишки".
Каменный храм построен в 1684-1693 годах на средства
ярославского купца "гостинной сотни" Алексея Зубчанинова, потомка "закладчиков" Спасского монастыря.
Зубчанинов входил в привилегированную корпорацию торговых людей XVII века - гостиную сотню, в
ярославских торговых рядах ему принадлежали 24 лавки. Возможно, поэтому он построил каменную богадельню у гостиного двора,
которая по переписи 1717 года была первой в городе по числу призреваемых (76 человек).
Нарядный резной золочёный иконостас в стиле украинского барокко относится к началу XVIII века.
1916 год. Иконостас Богоявленского храма. 2012 год.